Так, Змей Горыныч по мнению фольклористов - не просто огнедышащая рептилия, это повелитель стихий навроде Аватара из одноименного мультика. Поэтому нет никакого противоречия, что он дышит огнем, передвигается под водой, устраивает землетрясения и летает по воздуху. Множественная его природа подчеркивается и является причиной наличия трех (шести, двенадцати и далее согласно прогрессии) голов. Кстати, крылья ему для полетов не нужны, нигде они не упоминаются, а их наличие - предположение современных художников. Как повелитель воздуха Змей Горыныч может летать просто благодаря своему статусу - воздух его держит и несет куда нужно, шевеление какими-то физическими отростками при этом не требуется. Поэтому можете считать его чем-то вроде воздушного шара.
Также и Баба-Яга - не просто ведьма с повадками каннибала, а привратница загробного мира. Но об этом в другой раз.